企业实际负责人与许可证上不一致时，原则上应变更一致。但如果许可证上的企业负责人是出资人，并不负责企业的日常管理工作，出资人应给实际负责人授权书，并到当地食品药品监督管理部门备案。实际负责人不得虚挂虚设，其资质和培训都要符合规范要求。并在组织机构和质量体系中有所体现，若企业负责人虚挂虚设如经查实，说明企业负责人不能履行本岗位职责，按不符合企业质量管理体系和弄虚作假处理。企业有这种情况时，要和当地食品药品监督管理部门请示如何操作，以当地食品药品监督管理部门要求为准。